Análisis In Silico de la Viabilidad de la Mutación de Sistemas Biológicos

Raidel Rodríguez Romeu, Ramón Alexander Jaime Infante, Julián Triana Dopico, Joan Vázquez Molina

Texto completo:

HTML PDF

Resumen

Introducción: en Bioinformática la meta de los investigadores implica la obtención de modelos computacionales para procesos biológicos que se acerquen al comportamiento real, todo esto insertado en una disciplina conocida como Biología de Sistemas. El análisis in silico en esta área de las ciencias biológicas se apoya en el uso de métodos matemáticos-computacionales. Dentro del análisis en sistemas biológicos es de interés poder comparar la estructura de diferentes organismos. En dicha comparación se tendrá en cuenta el metabolismo de distintos organismos, así como la topología de su red metabólica asociada. Esta comparación sirve para seleccionar las especies o cepas que mejor se adapten a una aplicación en concreto.

Objetivo: analizar la viabilidad de la mutación de un sistema biológico para asumir funciones de otro.

Método: para este análisis se usaron los sistemas informáticos BioOpt, que se centra en el análisis del balance de flujo, utilizando la programación lineal como soporte matemático, y CompNet, que compara redes metabólicas atendiendo a varias métricas de similitud y las trasformaciones necesarias para llevar de una red metabólica a otra.

Resultados: se hizo una comparación entre dos sistemas biológicos, pudiendo determinar las reacciones esenciales dentro del metabolismo de estos organismos y de ellas cuáles debían ser modificadas y cuáles eliminadas para lograr la mutación de un organismo a otro.

Conclusiones: este trabajo muestra un análisis in silico que ayuda en la determinación de si es viable o no la manipulación genética de un organismo para que asuma funciones que estén definidas en otro.

BIOLOGÍA DE SISTEMAS; PROGRAMAS INFORMÁTICOS; 

Palabras clave

BIOLOGÍA DE SISTEMAS; PROGRAMAS INFORMÁTICOS; BIOLOGÍA COMPUTACIONAL.

Referencias

Raies AB, Bajic VB. In silico toxicology: computational methods for the prediction of chemical toxicity. Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science [Internet]. 2016 [citado 2017 Dic 24]; 6(2): 147-72. Disponible en: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wcms.1240/full.

Wolstencroft K, Owen S, Krebs O, Nguyen Q, Stanford NJ, Golebiewski M, et al. SEEK: a systems biology data and model management platform. BMC systems biology [Internet]. 2015[citado 2017 Dic 24]; 9(1): 33. Disponible en: https://bmcsystbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12918-015-0174-y.

Baltes NJ, Voytas DF. Enabling plant synthetic biology through genome engineering. Trends in biotechnology [Internet]. 2015 [citado 2017 Dic 24]; 33(2): 120-31. Disponible en: http://www.cell.com/trends/biotechnology/fulltext/S0167-7799(14)00237-6?_returnURL=http%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0167779914002376%3Fshowall%3Dtrue.

Castilla Guerra J. La autorización de los organismos genéticamente modificados [Tesis]. España: Universidad de Sevilla; 2016. Disponible en : https://idus.us.es/xmlui/bitstream/handle/11441/39186/TESIS.%20Autorizaci%c3%b3nOMG..pdf?sequence=1&isAllowed=y.

Infante RAJ. Empleo de las TIC´s en el aprovechamiento de la biomasa forestal en Pinar del Río. II Congreso Internacinal de Marketimg Desarrllo Local y Turismo MARDELTUR 2017; Pinar Del Río. 2017. Disponible en: https://www.responsibletravel.org/docs/MARDELTUR2017.pdf

Baláž V, Koča J, Kvasnička V, Sekanina M. A metric for graphs. Časopis pro pěstování matematiky [Internet]. 1986 [citado 2017 Dic 24]; 114(2): 255-9. Disponible en: https://dml.cz/bitstream/handle/10338.dmlcz/108715/CasPestMat_114-1989-2_5.pdf

Bunke H, Shearer K. A graph distance metric based on the maximal common subgraph. Pattern recognition letters [Internet]. 1998 [citado 2017 Dic 24]; 19(3): 255-9. Disponible en: http://biomet-toolbox.chalmers.se/index.php?page=downtools-bioOpt.

BioOpt; 2017. Disponible en: http://biomet-toolbox.chalmers.se/index.php?page=downtools-bioOpt

Edwards J, Ramakrishna R, Schilling C, Palsson B. Metabolic flux balance analysis. BIOPROCESS TECHNOLOGY. 1997; 24:13-58.

Komi N, Xingxing J, Xinkai Z, Liujing W, Jiajia L, Catherine M, Qiang H. Flux Balance Analysis Inspired Bioprocess Upgrading for Lycopene Production by a Metabolically Engineered Strain of Yarrowia lipolytica Metabolites [Internet]. 2015 Dec [citado 2017 Dic 24]; 5(4): 794–813. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4693195/pdf/metabolites-05-00794.pdf

Enlaces refback

  • No hay ningún enlace refback.




Licencia de Creative Commons
Este obra está bajo una licencia de Creative Commons Reconocimiento-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional.